1/16 финала (первые матчи)

Зенит-2 - Рубин	02 июля 2006	Санкт-Петербург, стадион им. Кирова
Химки - Ростов	02 июля 2006	Химки, "Новые Химки"
Факел - Торпедо (М)	02 июля 2006	Воронеж, "Центральный"
Динамо (Бр) - Шинник	02 июля 2006	Брянск, "Динамо"
ЦСКА - Мордовия	02 июля 2006	Москва, БСА "Динамо"
Крылья Советов - Кубань	02 июля 2006	Самара, "Металлург"
Терек - Москва	02 июля 2006	Пятигорск, "Центральный"
Амкар - Ангушт	02 июля 2006	Пермь, "Звезда"
Локомотив (М) - Анжи	02 июля 2006	Москва, "Локомотив"
Динамо (Мх) - Луч-Энергия	02 июля 2006	Махачкала, "Динамо"
Спартак (Нн) - Динамо (М)	02 июля 2006	Нижний Новгород, "Локомотив"
Динамо (Крв) - Томь	02 июля 2006	Киров, "Динамо"
Урал - Спартак (М)	02 июля 2006	Екатеринбург, "Уралмаш"
Спартак (Нч) - Сибирь	02 июля 2006	Нальчик, "Спартак"
Чита - Зенит	02 июля 2006	Чита, "Локомотив"
Сатурн - металлург (Кр)	02 июля 2006	Раменское, "Сатурн"

1/16 финала (ответные матчи)

Рубин - Зенит-2	09 сентября 2006	Казань, "Центральный"
Ростов - Химки	20 сентября 2006	Ростов-на-Дону, "СКА"
Торпедо (М) - Факел	19 сентября 2006	Москва, БСА "Лужники"
Шинник - Динамо (Бр)	20 сентября 2006	Ярославль, "Шинник"
Мордовия - ЦСКА	20 сентября 2006	Саранск, "Светотехника"
Кубань - Крылья Советов	20 сентября 2006	Краснодар, "Кубань"
Москва - Терек	20 сентября 2006	Москва, стадион им Стрельцова
Ангушт - Амкар	20 сентября 2006	Назрань, "Центральный"
Анжи - Локомотив (М)	20 сентября 2006	Махачкала, "Динамо"
Луч-Энергия - Динамо (Мх)	20 сентября 2006	Владивосток, "Динамо"
Динамо (М) - Спартак (Нн)	20 сентября 2006	Москва, БСА "Динамо"
Томь - Динамо (Крв)	20 сентября 2006	Томск, "Труд"
Спартак (М) - Урал	20 сентября 2006	Москва, БСА "Лужники"
Сибирь - Спартак (Нч)	20 сентября 2006	Новосибирск, "Спартак"
Зенит - Чита	20 сентября 2006	Санкт-Петербург, "Петровский"
Металлург (Кр) - Сатурн	20 сентября 2006	Красноярск, стадион "Олимпийского резерва"

1/8 финала (первые матчи)

Ростов - Рубин	04 марта 2007	Ростов-на-Дону, "Олимп-2"
Торпедо (М) - Динамо (Бр)	04 марта 2007	Москва, БСА "Лужники"
ЦСКА - Крылья Советов	18 февраля 2007	Владикавказ, "Спартак"
Москва - Амкар	26 февраля 2007	Москва, стадион им. Стрельцова
Динамо (Мх) - Локомотив (М)	07 марта 2007	Махачкала, "Динамо"
Динамо (М) - Томь	04 марта 2007	Москва, БСА "Динамо"
Спартак (М) - Сибирь	18 февраля 2007	Москва, БСА "Лужники"
Зенит - Сатурн	04 марта 2007	Санкт-Петербург, "Петровский"

1/8 финала (ответные матчи)

Рубин - Ростов	07 марта 2007	Казань, "Центральный"
Динамо (Бр) - Торпедо (М)	07 марта 2007	Брянск, "Динамо"
Крылья Советов - ЦСКА	26 февраля 2007	Самара, "Металлург"
Амкар - Москва	04 марта 2007	Пермь, "Звезда"
Локомотив (М) - Динамо (Мх)	14 марта 2007	Москва, "Локомотив"
Томь - Динамо (М)	14 марта 2007	Томск, "Труд"
Сибирь - Спартак (М)	26 февраля 2007	Новосибирск, "Спартак"
Сатурн - Зенит	14 марта 2007	Раменское, "Сатурн"

1/4 финала (первые матчи)

Ростов - Динамо (Бр)	4 апреля 2007	Ростов-на-Дону, "Олимп-2"
Москва - Крылья Советов	4 апреля 2007	Москва, стадион им. Стрельцова
Динамо (М) - Локомотив (M)	4 апреля 2007	Москва, БСА "Динамо"
Зенит - Спартак (М)	4 апреля 2007	Санкт-Петербург, "Петровский"

1/4 финала (ответные матчи)

Динамо (Бр) - Ростов	18 апреля 2007	Брянск, "Динамо"
Крылья Советов - Москва	18 апреля 2007	Самара, "Металлург"
Локомотив (M) - Динамо (М)	18 апреля 2007	Москва, "Локомотив"
Спартак (М) - Зенит	18 апреля 2007	Москва, БСА "Лужники"

1/2 финала (первые матчи)

Локомотив (M) - Спартак (М)	02 мая 2007	Москва, "Локомотив"
Динамо (Бр) - Москва	02 мая 2007	Брянск, "Динамо"

1/2 финала (ответные матчи)

Спартак (М) - Локомотив (M)	09 мая 2007	Москва, БСА "Лужники"
Москва - Динамо (Бр)	08 мая 2007	Москва, стадион им. Стрельцова

Финал

Москва - Локомотив (М)	27 мая 2007	Москва, БСА "Лужники"